Das Ziel von BrainLinks-BrainTools ist die Entwicklung von Medizintechnik, die direkt mit dem Nervensystem interagiert. Hierfür verbindet es Lebens- und Ingenieurwissenschaften sowie ihre klinischen Anwendungen. BrainLinks-BrainTools wurde als Exzellenzcluster, der 2012 im Rahmen der deutschen Exzellenzinitiative II der DFG gegründet (EXC 1086) und wird seit 2019 vom Ministerium für Wissenschaft, Forschung und Kunst Baden-Württemberg im Rahmen der Nachhaltigkeitsfinanzierung der Projekte der Exzellenzinitiative II als Zentrum finanziert.